La Universidad de la República es un ente autónomo consagrado como tal por el Art. 202 de la Constitución de la República. Es un ente cogobernado, lo que significa la participación de los órdenes que componen la Universidad (estudiantes, egresados y docentes) en las decisiones de gobierno que afectan a la institución (Ley Orgánica, octubre de 1958).

La Constitución consagra al Consejo Directivo (denominado «Consejo Directivo Central» por la Ley Orgánica Nº 12.549, del 29 de octubre de 1958) como el órgano “rector” de la Universidad e indica que: «El Consejo Directivo de la Universidad de la República» será designado por los órganos que la integran, y los consejos de sus órganos serán electos por docentes, estudiantes y egresados», conforme a lo que establece la ley sancionada por la mayoría absoluta de votos del total de componentes de cada cámara (Art. 203).

Los órganos de la Universidad son: el Consejo Directivo Central, el Rector, la Asamblea General del Claustro, los Consejos de Facultades, los Decanos, las Asambleas del Claustro de cada Facultad y los órganos a los cuales se encomienda la Dirección de los Institutos, Centros Universitarios o Servicios. (Art. 6 de la Ley Orgánica).

El Consejo Directivo Central, el Rector, el vice-rectorado y los Decanos (todos ellos «órganos» en sentido técnico o jurídico, de la Universidad), son provistos por designación; y, los Consejos Directivos, las Asambleas de Claustro y la Asamblea general de Claustro, por elecciones cuyo voto es obligatorio y secreto (La ley Nº 15.739).